Trước tình hình trẻ em mắc COVID-19 tăng cao tại TPHCM, từ ngày 15/3/2022 BVBNĐ sẽ tiếp nhận cấp cứu, điều trị nội trú các trẻ em mắc COVID-19. Khoa Nhi A với 40 giường bệnh, có hệ thống phòng cách ly đúng tiêu chuẩn, hệ thống camera quan sát bệnh nhân nặng và hệ thống oxy trung tâm đến giường bệnh nhân đảm bảo yêu cầu chuyên môn. Trường hợp các bệnh nhi chuyển nặng hơn sẽ được chuyển đến khoa Cấp cứu tích cực chống độc trẻ em.
Với vai trò là bệnh viện tuyến cao nhất trong hệ thống điều trị COVID-19 tại TPHCM, BVBNĐ có nhiều kinh nghiệm trong chẩn đoán, chăm sóc và điều trị bệnh nhân COVID-19 người lớn cũng như trẻ em.